リールを削除してアップし直したいのですが、インスタ上で不利になりますか？

Instagramのアルゴリズムの仕様に関して、明確な答えはわかりかねますが、「一度アップした投稿を削除してもう一度アップし直すと、その投稿はリーチしにくくなる」といった声があるのは事実です。
ただ、その仕様が仮に事実であったとしても、その後ずっとアカウントにとってマイナスになる可能性は低いので、気にせずアップし直して問題ありません。